6.1
还原论与整体论的方法论张力、组学数据的层次结构，及鲁棒性与涌现性等系统属性。
6.2
代谢组的界定、GC-MS/LC-MS/NMR 平台特点、非靶向与靶向策略，及多元统计方法。
6.3
表达量作为数量性状的作图思想、顺式与反式作用位点的区分，及对 GWAS 结果的机制解释。
6.4
多层网络的构建、加权基因共表达网络分析、因果推理思路，及肿瘤多组学计划的数据整合经验。
6.5
全基因组数据建树、基因树与物种树的冲突来源（不完全谱系分选等）、直系同源推断与功能注释改进。
6.6
合成生物学与最小基因组、精准医学的组学基础、数据科学趋势，及伦理、法律与社会维度。
本章参考文献与延伸阅读
- Gibson G, Muse SV. 2009. A Primer of Genome Science, 3rd ed. Sunderland (MA): Sinauer Associates. (Chapter 6)
- Kitano H. 2002. Systems biology: a brief overview. Science 295: 1662–1664.
- Nicholson JK, Lindon JC, Holmes E. 1999. 'Metabonomics': understanding the metabolic responses of living systems to pathophysiological stimuli via multivariate statistical analysis of biological NMR spectroscopic data. Xenobiotica 29: 1181–1189.
- Brem RB, et al. 2002. Genetic dissection of transcriptional regulation in budding yeast. Science 296: 752–755.
- Delsuc F, Brinkmann H, Philippe H. 2005. Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature Reviews Genetics 6: 361–375.